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Les micro organismes sont les premières espèces qui envahissent les milieux, jouant un rôle clé dans la formation et l'évolution des sols, la biodégradation des organismes morts et la transformation des matériaux. Ils jouent également un rôle fondamental par leurs interactions avec les êtres vivants (symbiose, commensalisme, parasitisme, pathogénicité). Ce sont des acteurs clés non seulement dans l'agriculture mais aussi dans des domaines extrêmement variés touchant la qualité de l'environnement (cycles biogéochimiques, pollution et dépollution), ou les biotechnologies (épuration, biodégradations, molécules à visées agroalimentaires, ...) et bien sûr la santé humaine, animale et végétale.
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